具体的な現象は解説できませんが、Flex SDK 3.2 以前のバージョンの Flex SDK 3 で作成 / 動作確認した RSL や Module を Flex SDK 3.2 でビルドして動作させると、SystemManager 内でエラーが発生するケースがあるようです。

このとき、はじめて SDK 3.1 と 3.2 の SystemManager.as の diff を取ったのですが、2,000 行以上追記されていて驚きました。

中垣さんのブログにて解説されていますが、思ったより大きな更新なので、Flex 3.2 以前のバージョンで作った既存 Flex 3 アプリケーションの SDK をバージョンアップをするときには注意が必要です。( というより、上位互換は考えない方がよいと思います。 )

それなりに影響でると思うのですが、日本語で正式アナウンスがないのは正直辛いですね。